Детский зоопарк «Ковчег» специализируется на реабилитации диких животных, попавших в беду, это – раненные, больные животные, их молодняк приносимый в зоопарк населением не только города Чебоксары, но и всей республики. Сюда поступают также животные, от которых отказываются их прежние хозяева. Сотрудники зоопарка лечат, выхаживают этих животных и после соответствующей работы, выпускают их на волю.

Животные не прошедшие реабилитации, т.е. ставшие ручными или оставшиеся калеками, не способные выжить в дикой природе, остаются жить в зоопарке, пополняя коллекцию животных. В среднем зоопарк принимает и выпускает на волю до двадцати птиц, до пяти млекопитающих, а среднее поголовье питомцев составляет 78.

Большую часть из них составляют хищные птицы, занесенные в «Красную книгу» и охраняемые законом, это – дневные и ночные хищные птицы. Часто сюда попадают всевозможные совы, ястребы, коршуны, орлы, канюк, чеглок, пустельга и многие другие.