Чебоксарский гидроузел введен в эксплуатацию осенью 1980 года, а весной 1981 года водохранилище было наполнено до промежуточной отметки 63,0 м, при которой Чебоксарское водохранилище функционирует и по сегодняшний день.

На основе анализа 32 метеорологических параметров и их изменений до водохранилищного и после водохранилищного периодов доказано, что с созданием Чебоксарского водохранилища гидрометеорологические условия на прилегающей к водохранилищу территории стали более благоприятными для ведения сельского хозяйства и проживания людей.

Создание Чебоксарского водохранилища отразилось на уменьшении перепадов температуры, увеличении количества выпадающих осадков и оптимизации их режима. Увеличилось количество дней с оттепелями, которые снизили опасные паводковые уровни рек.

За период эксплуатации Чебоксарского водохранилища на отметке 63,0 м наблюдается нестабильная санитарно-экологическая ситуация по качеству воды. Это связано с тем, что удельные площади мелководий (31,5%) значительно превышают допустимые (15-20%) по санитарным нормам эксплуатации водохранилищ.

Превышение допустимых норм площади мелководий способствует прогреву водохранилища и бурному развитию водорослей («цветению» водоема) в летний период и развитию анаэробных бактерий в зимний период.

При подъеме уровня качество воды в Чебоксарском водохранилище в целом будет улучшаться пропорционально объему водохранилища. Следовательно, по фактору природных условий наиболее предпочтительным вариантом является поднятие уровня воды Чебоксарского водохранилища до отметки 68,0 м.